低潮

　　康熙元年开始，四川总督李国英率川陕鄂三省大军，靖西将军穆里玛、定西将军图海率八旗禁旅，兵分两路围剿夔东明军，明军节节败退，部分明军将领叛变，郝摇旗，刘体纯，袁宗第，也陆续战死，仅剩下临国公李来亨率残部退守茅麓山。
　　康熙三年初，清靖西将军穆里玛统兵到达茅麓山下后，以兵精将勇，为了收取全功，贸然进攻。李来亨指挥明军凭借山势予以反击，满洲兵坠崖落涧，伤亡惨重，镶红旗副都统贺布索、一等阿达哈哈番桑图、穆里玛的第三个儿子苏尔马都被明军击杀。
　　茅麓山高险异常，周围一百五十余里。康熙三年二月，四川提督郑蛟麟率军，乘雪夜大雾，攀藤附葛，鼓勇直上，突袭占领了茅麓山西南要道通梁，扼住了明军出入的咽喉地带。此后清军集中了正辅兵计十万大军，将李来亨团团围困。而李来亨部明军残部仅三万余人，除去妇孺老弱，可战者不过万，而且粮草弹药日益短缺，兵民叛逃者日日不绝，形势非常严峻。
　　为了达到困死明军的目的，清军构筑木城，挑挖堑沟，树立排桩，切断明军同外界的一切联系。木城是为清军驻守而设立的，城外挖掘阔深各八尺的濠沟；濠外埋设一道五尺宽的排桩，名为梅花桩。其形制是用长五尺、围一尺的圆木一半埋入地中，地面桩高二尺五寸，各根木桩之间相距仅五寸，参差排列，状如梅花。这项耗费巨大人力、物力的工事完成以后，给李来亨部明军的行动和军需供应造成了极大的困难。
　　因此在吴三桂败出昆明后，清廷也认为夔东叛军已不足虑，令李国英改督云贵，由图海督师，穆里玛和董学礼率军继续围困李来亨所部。
　　双方相持了几个月，李来亨部贮积的粮草消耗得差不多了，求战不得，被迫拼死突围。六月十五日深夜，李来亨亲自率领总兵五名、精兵数千名分路进攻清军防线，另派三名总兵带领士卒旁攻，牵制他部清军赴援。明军抬着云梯、盾牌，手持钩镰大斧，砍断木桩，填平沟堑，史载:炮矢如雨。虽然由于清军防御严密，突围未能成功。但因为李国英带走了一万多精锐，明军这次突围让清军感受到了巨大的压力。
　　清军派李来亨老乡，之前叛降的李有实至明军中说降，被李来亨斩首，首级悬于营门之前，以示决心。但是粮草告罄已是迫在眉睫，七月初九日夜晚，李来亨散尽金银，率四千余部下发动决死突围。此战，明军战士莫不奋臂争呼，拼死力战。明军连攻五阵，终于攻破焚毁十几处木城，打开了缺口。
　　虽然免于全军覆没，但是结局依然惨烈，看着身后一千多部下人人带伤，李来亨更不敢想留在山中的那两万军民即将面对的遭遇，命令道:熄了火把。便领着众人消失在夜幕中。
　　昌武元年，康熙三年，七月末，清军攻占茅麓山基地九连坪城寨，为泄愤，对茅麓山四山搜剿，生民无遗类。。
　　同年七月十七，张煌言在浙江复明失败，为叛徒出卖被捕。九月初七，大明兵部尚书张煌言于杭州就义，死前叹息:大好江山，可惜沦于腥膻。
　　因为封闭的原因，云南明军很难及时的得到外界的消息，很多情报滞后个把月都是很正常的事。等到年底夔东义军和浙东明军覆灭的消息传至，这意味着，在大陆上清军已经平靖了云南以外的其他地区。朱慈煊越来越感到无力，当年三番之乱，糜烂西南半壁，清廷都能靠强大的国力拖赢，如今一隅之地，简直毫无胜算。朱慈煊有时甚至觉得自己来这个时空，可能复明没复成，倒是帮了康麻子大忙，提前解决了吴三桂，帮他省了三番之乱的麻烦。