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20年前，人们在南极发现了一名高数十米的光之巨人，第一师徒“亚当”（不是凹凸曼）在进行研究时，不小心唤醒了他，便引发了第二次冲击，导致地球死了一半生物，亚当也不知在何处了。
在第二新东京市，碇真嗣被自己多年未见的父亲叫来了第二新东京市，可谁知突然地动山摇，出现了一个怪物第四使徒，真当碇真嗣要被踩到的时候一辆蓝色跑车停在了他面前，上面的女司机说了一句:“快上来！”碇真嗣上了车后得知，她是父亲派来接自己的叫葛城美里，不久军队用了威力最大的n2地雷，使第四使徒失去了短暂的行动力。
没多久真嗣他们到了一个名为“nevr”的地下都市这个组织是专门对抗使徒而建造，一路上真嗣看着操纵指南到了一个母桥上，一开灯，真嗣被震惊了，一个巨大紫色的机器人映入眼帘，他连忙翻看指南，旁边的赤木侓子告诉他:“别看了，上面没有，这是人们的终极决战兵器Evangelion也叫eva初号机”（注：这并不是真正的机甲，而是第一师徒亚当的克隆体拥有人的身体组织。）此时真嗣父亲出现了说:“出击。”美里不知所措因为真嗣没受过训练出击有危险，可赤木博士说只能这样，可真嗣没有答应在逃避，父亲看不下去了，说预备驾驶员太没用了，让零来（零十一个没有过去记忆和资料的克隆人）。此时一个浑身是伤的女孩被推了进来，突然开始晃动，导致掉下来一块钢板正好在他们身上突然机甲自己用手挡住了他们，在这里的人都很惊讶。除了他父亲，没有插入插入栓，机甲是不会自己动的。真嗣赶快扶起来零却看到了一摊血，挣大了眼睛他的内心动摇了，他的心里一直再说不能逃避，不能逃避，不能逃避。突然真嗣说“我来驾驶！”父亲满意的笑了笑。
他换上作战服，坐入了插在机甲机甲脊椎骨里面的插入栓然后注满了lcl液体这种液体只有肺有这种液体就可以活动氧气，只见它旋转进入内部盖上了装甲，随后慢慢的移动了母桥，然后运到了发射台只见它飞速运上了地面与师徒相对视，此时的工作人员都很惊讶，因为他没有受过任何训练，竟然成功的精神连接了，且同步率到了40%。
赤木侓子真在教他驾驶:“想着走，然后拉动扳手。”真嗣好像会了可是，刚走一步便摔了个狗吃屎，此时师徒拔掉电源，没有电只能运行5分钟还把初号机的胳膊弄断了，此时真嗣没有理智。因为精神连接，所以机甲受到的伤害驾驶员也会疼痛。最后师徒抓住初号机的头用激光柱敲击他的头，打穿了一个洞，开始喷血，真嗣也晕了过去。
填坑：使徒其实是亚当的后代他们的任务是日后回归亚当成为神，可亚当不在了。他们就想和地球上大部分生物的“母亲”莉莉丝（注：在nevr总部地下）人们在发现，亚当的时候也发现了一本死海文书，seelv(后期有)也想让人们和莉莉丝融合成为神。（是后期会提到的“人类补完计划。”）