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邪神的计划进展似乎比他想象的顺利，他忽然感觉自己低估了指挥种族心中的仇恨与贪欲。
在他的有意推动下，神宫历3010年，神宫的第二次起义战争开始了，这次战争比反入侵战争前的那场起义声势更大，以神宫的亵渎者们领头，鼓动了灵族全族进行叛乱，并且发动了大量神宫民众参与叛乱，还有少部分的翼族，至于狐族，他们既不支持皇帝夏阳，也不想参加叛乱，然后他们和以初生者为首的军团发生大战。
各个种族的世家高层虽然也想反对皇帝，但一方面上次起义惨败后被迫签订的条约和亵渎者这些人让他们感到不安等原因，选择了观望。这个时候三位面的人没有发觉，回归战争已经正式打响了，这次的邪神更加狡猾，他开始居于幕后指挥了。
这里介绍一下神宫中这些神奇的种族：
首先是灵族，灵族这个种族与神宫人族外貌上完全相同，只是他们的头脑更发达，精神力更强，但人数稀少，全族被灵族世家掌控，他们在被夏阳传输知识后，发现自己的种族非常擅长魔导科技，他们可以通过学习知识来开发相关的技术，比其他种族快了不少，所以他们在神宫中的印象一般都是神秘，睿智，高贵的，他们的天赋被夏阳发现，然后发掘遗迹和开发新技术的过程中被皇帝大量聘用，然后他们与皇帝开始了合作时期。
后来夏阳对技术的不断痴迷与狂热，裂痕出现了，他不断压榨灵族的智慧和精神力，甚至偷偷抓捕灵族人做实验，这让灵族人忍无可忍，于是全族人都参加了第一次由世家引导的第一次起义，但他们不可能打赢初生者，战败后被迫签订了条约，皇帝也终止了实验，他们组成联军专心对付混沌魔，第二次合作勉强开始了，战后一直维持和平。
但灵族人发现自己的皇帝在战后更加的狂妄，变本加厉的研究更先进的技术，于是他们选择了沉默和低调，在私下里慢慢积攒武器，准备在合适的时候反抗夏阳的暴政，后来亵渎者的起义让他们看到了机会，他们已经隐忍近千年了，不可能失去这个机会，他们给起义人员提供武器，是起义军中的重要角色。
然后是翼族，这个种族真心没什么好说的，他们只是比普通人多双翅膀而已，用一句话概括就是头脑简单，四肢发达，好战且贪婪，他们全族都是雇佣兵，只要给他们足够的钱，他们连同族的人都杀，但翼族是由世家统治的，他们的钱每隔一段时间会上交给世家一次，而且他们不能违反世家的命令。
翼族在第一次起义中损失惨重，因为他们头脑简单，智者真的很少，对，是真的，总有人喜欢用重金请他们当炮灰，他们没有全族参加第二次起义不是因为他们长了记性，而是他们损失太惨了，缓了千年还是不能组织起有效的兵力，但族里最贪财的人还是自发的去参（chong）加（dang）战（pao）争（hui）了。
狐族人很神秘，外貌与人族无异，神宫其他种族都认为他们其实是由一种叫狐的野兽直接幻化来的，但他们的智慧甚至可以和灵族媲美，他们精通幻术，全族人居住在深山中，由世家统治，不热衷于战争，世家首领会派自己的继承人去外界游历，获得足够的知识或情报，直到他（她）继承老首领之位为止。
他们也非常厌恶皇帝的统治，但也不可能去主动起义，所以在第一次起义时派了族内几名擅长幻术的士兵帮忙，被打败后也和皇帝签了条约，基本没受损失，第二次起义时选择中立。这一代的继承人为狐族世家公主青琉，被一致评为神宫最美丽的女性。
神宫人族是相对于其他种族数量最多的种族，他们是神宫文明的真正主体和基石，拥有许多大姓世家，世家分别对应不同的初生者，比如支持间宫璃的间宫家，开始支持夏阳建立帝国，加入军团，后来逐渐不满皇帝的行为，许多世家与他们支持的初生者决裂，并且打了第一次起义战争。
战败后重新支持初生者，他们被打怕了，真正认识到了初生者的力量，也没有参加第二次的起义，正处于一种我不想打仗受损失，也不想让皇帝过的那么舒服的矛盾感情中。但普通神宫人已经受不了皇帝的统治了。
由于神宫的复杂情形和各种矛盾，让远在虚空之中的邪神找到了突破口，他再次诱导一批神宫人成为亵渎者，挑起人族的起义战争，人族的率先起义就像一堆炸药桶中的一粒火星，瞬间引爆了整个神宫，神宫人族陷入了巨大的混乱之中，后来连亵渎者也掌控不了局势了。
各个地方的起义军什么都打，有的地方世家也被他们攻陷了，此时只要反抗皇帝的灵族都会无偿提供武器，他们对皇帝有最大的仇恨，但技术也确实精湛。
这时候的神宫经常能看到，各种穿着不统一的起义军带着先进的魔导大炮和其他武器四处攻打军团，起义军把本来就稀少的翼族打的满世界飞，就算他们头脑简单此刻也明白了，参加战争会导致他们种族灭绝，他们只好东躲西藏，起义军甚至打到狐族的深山之中，但不热衷战争的狐族也不好惹，杀退了几波起义军之后，就没人管他们种族了。
这时候初生者在干什么呢？
间宫璃和狐族公主他们回到神宫后发现战争已经开始，狐族公主被召回了深山，间宫璃认为自己不能在战争中独善其身，他和大将军卫肖结成同盟，首先找到了支持他们的世家，准备与起义军对抗，但世家以损失惨重为由拒绝了，现在神宫的其他初生者也是如此，被世家拒绝了，唯有支持皇帝的夏家，他们打算和起义军一拼到底。
无奈的初生者们回到了军团，集结自己的士兵与起义军作战，但是被打的节节败退，最后，除了夏阳以外的所有初生者都被迫聚集到一起开了一次会，间宫璃和卫肖一开始只是想组建联军对抗邪神，但现在看来计划无时限的搁浅了。其他初生者仗打的也很被动，他们不能理解战后成为新神的他们怎么就成了这样。
他们交换了许多情报之后，痛定思痛地想了想，最后得出了以下结论：首先是这帮义军只是反对皇帝，自己等人打仗只是为了初生者或新神的利益和地位。然后，挑拨义军的肯定是邪神，他们必须先消灭亵渎者，但以现在的情报来看，只要邪神不死，亵渎者就会源源不断地出现，暂时很难处理。
最后，神宫混乱的罪魁祸首根本不是邪神，而是他们的领袖夏阳！他们这几千年与夏阳的间隙越来越大，但初生者不能互相伤害，但夏阳却逐渐变强，野心也越来越大，他们也很无奈，于是就随他而去了。
但从第一次起义战争后初生者就警觉了，虽然最后是靠夏阳才获得胜利的，但如果没有他战争也不会打，他们这些初生者完全成为了夏阳野心的消耗品，因为神宫其他种族把初生者门都视为一体的，即使他们是同族，也是不一样的。
直到第二次起义战争，这些初生者终于明白了，起义军虽然反对皇帝，但肯定先打他们，明明他们也不支持皇帝，但起义军不会听你解释的。
于是在这次会上一位叫句燃的大将军再也忍不住了，他将桌子拍碎后，大声咆哮出了所有初生者的心声：
“让那个该死的夏阳去死吧，老天就不能收了他吗，他想当皇帝，行，没问题，谁让你是我们的领袖，我们鞍前马后的让他当皇帝，当了皇帝还不满意，又想当神了，行，这也没问题，我们还能跟着沾沾光，可是他妈的他居然想当真神了，你们都掌握点法则所以懂，那不是我们能接触到的领域，但现在那个老王八蛋正在作死，他自己作死也就算了，居然想拉着整个神宫一起作死，他作死前和咱们商量了吗，为什么我们什么也不知道就要为他的作死付出代价，为他作战，恩？！我的军团强盛时期满编8万的精锐士兵，现在打的就剩5千了。我不管你们怎么想，我句燃从今天起与夏阳决裂，放弃新神的称号，去和起义军谈判，谈不妥就投降，我再也不打了，你们谁爱打谁打。去他大爷的！”
初生者听前面感觉有一些共鸣，但是听到句燃要投降时，都很吃惊，间宫璃叫住了句燃，说道：
“你放弃新神称号，放弃为夏阳而战这都无所谓，毕竟我们为他付出太多了，不欠他的了，但那些亵渎者你管不管，邪神你管不管，你难道要向他们投降，上一季到现在，没有一个初生者放弃自己的责任向入侵者投降，你是不是想试试，看看后果如何，我可提醒你一句，对我们来说，放弃自己的责任等于放弃自己的存在，你确定要投降？”
句燃听完沉默不语，权衡后走了回来，但现在的情况依然很复杂，起义军或背后的亵渎者不想放过他们，但夏阳依旧杳无音信，好像把他们抛弃了，他们现在需要一个新领袖，并且需要一个切实可行的计划，既能逃脱起义军的追击，又能积攒实力反攻邪神，他们商讨了很长时间，推举了间宫璃为新领袖，然后商议由他带领全体军团转入人间。
这个决定事实上很难完成，他们生在神宫，长在神宫，想要离开是很困难的一件事，而且他们需要转移军队，这是个大工程，而且亵渎者不会放他们这么轻易离开，还是要和亵渎者打一场的，亵渎者基本都是死士，和他们战斗很棘手，但现在这是他们唯一的计划了。
他们决定放弃神宫了，计划把神宫的起义军都留给皇帝夏阳，让他自己头疼去吧，自己作的死就应该自己负责。初生者们现在正准备如何在损失最小的情况下，撤走所有军团。
初生者很快发现他们的计划动作太大，以至于神宫许多人都知道了，但只有亵渎者指挥的起义军想留下他们，其他普通起义军认为军团已经认输了，他们不想继续持续战争了，有许多神宫百姓找到军团，希望他们带自己一起走，他们宁愿去人间也不愿意继续被皇帝压迫，然后每天都有人来投奔他们。
初生者先将自己的军队的一部分派去了人间，命令他们先建立一个基地，在人间落住脚。他们和其他士兵保护神宫百姓去往人间。
投靠他们的百姓越来越多，这对他们来说是件好事，这样可以把他们从起义军中分离出来，或者说把他们从邪神手中拯救出来，但亵渎者很明显不会让他们如愿以偿，他们一开始没有打扰初生者，他们利用这个时间筛选最忠于邪神的士兵，或者对皇帝有巨大仇恨的人类，让灵族给他们提供更多的武器。
积蓄力量，彻底打败那些初生者，这回邪神吸取了教训，只要有能杀掉初生者的机会他一定不会放过。
战斗还是开始了，初生者将自己的军队围绕通道摆好阵型，等待亵渎者的进攻，下令让所有非战斗成员立刻去人间，亵渎者的武器非常厉害，新型的魔导大炮，直接将军团的阵地犁了一遍，等到军团士兵回过神来，无数起义军骑兵的刀已经向他们砍过来了，战斗打的很艰难，亵渎者所有的士兵都抱有同归于尽的思想，军团的士兵越打越少。
间宫璃只好下令让军队边打边撤，自己和其他将军殿后，初生者们发挥出全部的实力，杀光了一片又一片的亵渎者。
战况好转了一些，大部分人都撤走了，但这时候几个祭祀拿出了一些长相奇特的炸弹，绑在自己的身上，高喊着“长眠之神永存”向着初生者们扑了过去，引爆了炸弹，幽蓝的炸弹爆炸发出的光彩，居然异常瑰丽美幻，可惜没有人能看见了，所有人都消失在了爆炸中。
原来灵族一直在暗地里开发能毁掉初生者的法则武器，他们也付出了巨大的代价，做出了为数不多的，被命名为“神陨”的炸弹。灵族幻想着总会有一天可以用这个炸弹炸死夏阳，为他们的同胞复仇。
间宫璃再次醒来的时候，发现他的士兵已经死光了，那个炸弹似乎能对初生者造成伤害，威力大到超乎想象，他四处寻找同胞，然后惊讶的发现其中一个初生者身体正在消散，这个过程他无法制止，他第一次看见初生者的死亡，初生者生于天地，死后也应回归天地。所有幸存的人都在为同胞默哀，间宫璃思考着这一切的意义。
他知道那是灵族发明的，但他不理解为什么灵族会痛恨他们到这种程度，曾几何时强大的不可一世的新神也被他们拉下了神坛，他以前打仗的信念就是守护神宫，守护这里的智慧种族，他以前不理解为什么人间的斗争为什么那么残酷，但现在看着神宫的遍地废墟。
他明白了一件事，邪神已经不是他们最大的敌人了，真正的敌人是他们自己不合理的欲望，强大的人贪婪更强的力量，被压迫的人们想要复仇的力量，当智慧生物被欲望丧失理智时，邪神就趁虚而入了。
当间宫璃想通问题的时候，他感觉自己掌握了一些新法则，于是他召集还幸存的将军，走进通道，他现在需要回到人间重新组建联军，他会干掉邪神的，然后他再回到神宫的时候，他将亲手杀死他们的皇帝•夏阳。