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鸣人虽为木叶忍者，但却是涡之国漩涡一族的后裔。由于九尾袭击木叶，四代火影把九尾的阳性查克拉封印在当时还是婴儿的鸣人体内。四代原本希望木叶村民把鸣人视为村子的英雄，但是村民们广泛地视鸣人为曾经破坏村子安宁的九尾的化身，故一直冷落鸣人。因此，鸣人逐渐养成反叛的个性。
鸣人在学校的成绩差劣，爱恶作剧，期望成为火影并得到大家的认同，古灵精怪、口无遮拦是鸣人最大的特点，时常成为他同学的笑柄，也令老师们十分头痛。后来，鸣人得到忍者学校老师伊鲁卡的认可，渐渐成长。伊鲁卡的父母双双死在九尾对木叶的袭击中，虽然伊鲁卡开始很难接受鸣人，但随着相处时间边长，他发现鸣人内心的孤独，逐渐地他接受鸣人，也了解他为什么希望能得到大家的认同，因为伊鲁卡小时候也曾经对大家有同样的期望。伊鲁卡可说是村里第一个能接受鸣人的人，在他身上留下不可泯灭的印象。伊鲁卡就好比是鸣人真正的亲人，因为鸣人通过他来逾越存在自己心中多年的悲伤之情。
鸣人平时大大咧咧、爱出风头，用他自己的话说，“又笨又小孩子气”，但粗中有细，具有不认输、永不放弃、坚毅不屈、坚持信念的意念。他外向的性格及他奋力追求自我提升的性格，对周围的人的生活产生了重大的影响。在故事的开端，鸣人与三代火影的孙子木叶丸成为对手，而木叶丸也在鸣人短暂的指导下领悟，人必须努力才会有成功的一天。鸣人天生急性子，时常不三思而后行，但真要动起脑筋来又会想出一些金点子，鸣人同时是个以自信心、同情心，偶尔也以运气超越其对手的滑稽型忍者。
鸣人是个幽默的人，他经常以一副嬉皮笑脸的面容面对世界，但是有时候他是以笑容掩饰内心的焦虑，不让别人为他担心。对于外人而言，他是个随遇而安的人，但好友们往往能看出他埋藏在心中的忧虑。
鸣人的信仰十分坚定，他始终相信着人们能找到光明和正义，同时也很理智，明白正义的道路“不是一条轻松的路，行走在那条道路上将会遭遇无数艰难险阻”，他也十分注重和同伴之间的友情，将卡卡西（带土）的格言“在忍者世界中，不能完成任务的人是废物，抛弃同伴的人则是连废物都不如”铭记在心。
漩涡鸣人是四代火影波风水门和第二代九尾人柱力漩涡玖辛奈的儿子。玖辛奈预产时，因为女性人柱力在怀孕期间封印会减弱，于是三代火影将产房布置在村外，并由严密的结界和众多暗部保护，同时水门也陪护再侧，确保封印不被解开。
玖辛奈有惊无险地生下鸣人，水门为此高兴地流泪，但一个自称为“宇智波斑”神秘“面具男”突然现身，用卑鄙的手段强迫水门带着救下来的鸣人用飞雷神离开玖辛奈身边，而玖辛奈的封印尚未修复。
“斑”用写轮眼控制九尾冲破封印并将尾兽抽出，随即操纵九尾攻击玖辛奈，玖辛奈被水门救下。水门将极度虚弱的玖辛奈带回家安顿好，便急赴木叶与“斑”交战并击退了他。玖辛奈用查克拉锁链勉强将九尾捆住并制造出结界，但却因身体已经达到极限而吐血，并准备用仅存的查克拉跟九尾同归于尽。
最终水门做出了自己的选择：牺牲自己的生命，由自己来封印九尾，并将九尾阳查克拉以及自己和玖辛奈最后的查克拉一并封印在鸣人身上，让夫妻俩都能够在鸣人体内伴着鸣人成长，并设定封印程序使他们能在最关键最危急的两个关头给予鸣人帮助。
玖辛奈强烈反对水门的做法，认为其不应该就这样牺牲自己并且还让鸣人从小就背负如此沉重的负担，而是应当活下去抚养和教导鸣人成长。水门阐述自己的想法，说服了玖辛奈。九尾发觉水门的企图，趁玖辛奈虚弱之际要杀死鸣人，但被水门夫妇拼死挡下。玖辛奈在临终之际含泪对鸣人诉说爱意。而这第一次对孩子的爱的叮咛，对初为父母的他们而言却也成为了唯一一次。
最后九尾被封印，水门夫妇牺牲，去世前玖辛奈将鸣人托付给了三代火影。
尽管水门夫妇临终前留下遗言，希望木叶村民把鸣人视为村子的英雄，但出于保密，除三代和少部分了解内情的村民外，鸣人的身世并未对外公布，连鸣人本人也不知道。村子里的大部分人都将鸣人视为九尾的化身，纷纷对他冷眼相待，也因此鸣人一直在孤寂中成长。然而他一直想要得到别人认同，因此他经常在村内大搞恶作剧，吸引注意。他的恶作剧甚至严重到在木叶的火影岩上涂鸦。
鸣人在忍者学校第三次毕业考试失败。监考水木以让他通过测试为交换，让他偷窃禁术卷轴，但阴谋被同僚伊鲁卡看破，拼死前去解救鸣人。鸣人学会禁术卷轴中的多重影分身击败水木。伊鲁卡老师准他以此通过考试毕业，鸣人与同届8名毕业生正式成为下忍，鸣人、佐助、樱三人获分派上忍卡卡西为带队老师，归属第七班。卡卡西给三人进行铃铛演习，鸣人他们各自为战，最终惨败。后佐助悟出老师要他们有团结精神，打破卡卡西的规则喂鸣人吃饭，终于通过了生存测试。
三人正式成为下忍后，一向从事的都是D级的任务，如找宠物、清洁河道等，鸣人本身亦有怨言。终于他们获派护送要人的C级任务，其内容就是要安全护送桥梁建筑师达兹纳先生返波之国。在卡卡西带领下，他们陪同达兹纳出发。然而途中却遇上来自雾隐的两名中忍，鸣人因从未有实战经验，心有恐惧；相反佐助及樱表现镇定，佐助更以敏捷身手把两名中忍制服。之后他们遇上更强的敌人——叛忍桃地再不斩。当卡卡西被再不斩以水牢术所困时，鸣人与佐助配合使用佯攻战术吸引再不斩的注意力，解开了对卡卡西的束缚。卡卡西击败再不斩后，便指导鸣人、佐助和樱如何控制查克拉。鸣人和佐助互相竞争，最后均能达到树顶。鸣人们寄宿在波之国伊那里一家中；同时他亦认识了一名神秘少年白。
不久，假死的再不斩再度出现，向第七班复仇。而白同时出现，拥有血继限界的他跟佐助交手。白使出秘术·魔镜冰晶，把佐助困在其中。此时，鸣人打败卡多派来绑架伊那利一家的两名手下后，匆忙赶到的他却鲁莽地冲进了白的陷阱。佐助唯有利用刚开启的写轮眼应付白的行动，同时掩护重伤的鸣人。白利用这一弱点，攻击鸣人使佐助露出破绽。佐助明知是计，却用自己的身体掩护鸣人，身受重伤倒下。
鸣人误认为佐助被杀，愤怒之下使出九尾的力量击败白。白的面具脱落，鸣人才知道他原来是先前所认识的那位少年。白承认已败，请求鸣人杀掉他；然而白感到再不斩处于危险中，向鸣人致歉并离去，并为再不斩挡了卡卡西的致命一击。当鸣人得知白的死讯后，向看似冷漠的再不斩讲述了白对他的忠诚和情谊，让再不斩这个铁血之人落泪不已。再不斩因此牺牲了自己的性命，反过来把作恶多端的卡多杀死。而佐助不久亦从昏死状态中苏醒过来。第七班顺利完成任务，准备回木叶覆命。达兹纳为感谢鸣人相助，把新桥梁命名为“鸣人大桥”。
第七班返回木叶又执行了一些琐碎的任务后，木叶准备举行中忍选拔试。鸣人、佐助及樱三人最终亦决定参加。第一轮是笔试，亦是鸣人最叫苦的测试，碰上主考官又是暗部所属审讯部长，擅于操控对方精神，被称为“虐待狂”的森乃伊比喜。幸亏伊比喜其实是想考验考生的心理，故鸣人虽一条问题也没回答，仍成功过关，还被伊比喜认为相当有意思。
第二轮是生存试练，在死亡森林内与其他考生争夺用来晋级的“天之卷轴”和“地之卷轴”。第七班途中遇上伪装成草忍考生、已叛离木叶的大蛇丸。佐助对大蛇丸所召唤的大蛇一度畏惧，故鸣人一反之前，反过来以激将法使佐助振作起来。佐助终以巧妙的身手制服大蛇丸，却被大蛇丸在其膊上留下天之咒印，痛极昏过去。鸣人亦中大蛇丸的五行封印，九尾力量被封印起来并昏过去。樱只得自行照顾佐助及鸣人。鸣人、佐助苏醒过后，三人又继续考试，但考试时限将至，始终仍欠缺所需卷轴。幸得之前认识的药师兜指点，击败三名雨忍成功夺取卷轴过关。
第三场考试分预赛及淘汰赛。鸣人的预赛对手是犬冢牙和赤丸。牙的秘术一度使鸣人处于下风；但鸣人却使巧计令牙误伤赤丸，又因突然放了一个屁，严重影响牙的攻击能力，被鸣人自创的鸣人连弹所败。进入淘汰赛，鸣人遇上有“天才”之称的日向宁次，被宁次的攻击封印穴道而使不出任何查克拉，但因试前得到“三忍”之一的自来也所指点，释放九尾的查克拉击败宁次，获全场欢呼。
就在考试步近尾声之时，砂忍及音忍突然发动袭击，因佐助急于追赶自己的对手我爱罗，卡卡西便命令鸣人、樱及鹿丸务必阻止佐助胡乱行动。鸣人追上佐助，却发现正在与佐助对战的我爱罗已变成守鹤，还把樱给捕捉起来。鸣人撇开恐惧与我爱罗交战并将其压制，及后我爱罗进一步化成完全体的“砂之守鹤”，鸣人亦召唤出蛤蟆文太，再组合变身为九尾妖狐，控制住守鹤。鸣人把正沉入睡眠中的我爱罗撞醒，守鹤力量被压制起来。最后，鸣人一拳痛击我爱罗，使其动弹不得，成为当时唯一打败我爱罗的忍者。樱及佐助获救，我爱罗亦被手鞠、勘九郎护送离开。
他们回到木叶后，却收到三代火影在与大蛇丸的对决中牺牲的噩耗。